El ISEN desarrolla un programa de estudios tendiente a la formación profesional de los futuros diplomáticos. El mismo incluye las siguientes disciplinas: economía, derecho, historia, negociación internacional, normativa y gestión pública, promoción de las exportaciones, práctica consular y ceremonial y protocolo. También se dictan  seminarios especiales sobre cultura argentina, lenguaje diplomático y sobre las cuestiones particulares que componen la agenda exterior de la República Argentina.

Asimismo, durante el período de estudios, los becarios del ISEN cursan un intenso programa de perfeccionamiento de idiomas extranjeros, que además de abarcar los obligatorios inglés y portugués, incluye varios niveles de francés, alemán, italiano, ruso, árabe y chino.

Al finalizar cada semestre los becarios realizan  prácticas profesionales en áreas de la Cancillería, con el objetivo de que al egresar estén familiarizados con la mayor parte de las tareas que desarrolla el Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto.